دوره 25، شماره 6 - ( 11-1404 )
جلد 25 شماره 6 صفحات 543-535 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Safari-Alighiarloo N, Tabatabaei S M, Khayer N, Hashemi Madani N, Khamseh M E. Protein-Protein Interaction Network: The Identification of Key Genes and Pathways Involved in Nonfunctioning Pituitary Adenoma Tumorigenesis. ijdld 2026; 25 (6) :535-543
URL: http://ijdld.tums.ac.ir/article-1-6481-fa.html
URL: http://ijdld.tums.ac.ir/article-1-6481-fa.html
صفری علی قیارلو ناهید، طباطبائی سید محمد، خیر نصیبه، هاشمی مدنی ناهید، خمسه محمد ابراهیم. شبکۀ برهمکنش پروتئین-پروتئین: شناسایی ژنهای کلیدی و مسیرهای دخیل در تومورزایی آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی. مجله دیابت و متابولیسم ایران. 1404; 25 (6) :535-543
1- مرکز تحقیقات غدد درونریز، پژوهشکدۀ غدد درونریز و متابولیسم، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران ، safari.n@iums.ac.ir
2- گروه انفورماتیک پزشکی، دانشکدۀ پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران
3- مرکز تحقیقات قاعدۀ جمجمه، پژوهشکدۀ سلامت حواس پنجگانه، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران
4- مرکز تحقیقات غدد درونریز، پژوهشکدۀ غدد درونریز و متابولیسم، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران
2- گروه انفورماتیک پزشکی، دانشکدۀ پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران
3- مرکز تحقیقات قاعدۀ جمجمه، پژوهشکدۀ سلامت حواس پنجگانه، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران
4- مرکز تحقیقات غدد درونریز، پژوهشکدۀ غدد درونریز و متابولیسم، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران
چکیده: (338 مشاهده)
مقدمه: آدنومهای هیپوفیز غیرعملکردی (NFPAs) فاقد شواهد بالینی افزایش هورمون هستند. عدم وجود نشانگرهای زیستی قابل اعتماد برای پیشآگهی و درمان، همراه با خطر قابل توجه عود، سبب ایجاد چالشهای اساسی برای مدیریت بیماری شده است. هدف این مطالعه شناسایی ژنهای کلیدی و مسیرهای زیستی در تومورزایی آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی با استفاده از روش سیستم بیولوژی است.
روشها: مجموعه دادۀ میکرواری با شمارۀ دسترسی GSE26966 برای شناسایی ژنهای افتراقی بین نمونههای آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی و هیپوفیز سالم آنالیز شد. برهمکنشهای بین ژنهای افتراقی در سطح پروتئین با استفاده از دادههای برهمکنش پروتئین- پروتئین (PPI) جمعآوری شده از پایگاه داده IntAct، ایجاد شد. نرم افزار cytoscape، پکیجهای igraph و MCL برای ساخت، آنالیز توپولوژیکی و خوشهبندی شبکه استفاده شدند.
یافتهها: ۱۱۳۵ ژن افتراقی، |log2FC|>2 و FDR< 0.05، بین نمونههای آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی و هیپوفیز سالم شناسایی شدند که ۳۲۳ ژن افزایش و ۸۱۲ ژن کاهش بیان داشتند. شبکۀ PPI شامل ۶۹۶۰ گره و ۱۵۶۹۱ یال بود. براساس آنالیز خوشهبندی، تنظیم چرخۀ سلولی، تنظیم سازماندهی و تجمع کروماتین، تنظیم رونویسی و تنظیم مسیر اسکلت سلولی اکتین، مهمترین مسیرهای درگیر بودند. با آنالیز توپولوژیکی شبکه، ژنهای CDKN1A، BHLHE40، FHL2، H1-2، H2BC21 و FGFR3 بهعنوان گرههای هاب مرکزی شناسایی شدند. این ژنها در مسیرهای زیستی ذکر شده نیز درگیر بودند.
نتیجهگیری: این مطالعه نشان داد که روش سیستم بیولوژی با رویکرد تلفیق دادههایهای رونوشت ژن با دادههای برهمکنش پروتئینها توانایی شناسایی مسیرها و نشانگرهای زیستی بالقوه در تومورزایی آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی دارد.
روشها: مجموعه دادۀ میکرواری با شمارۀ دسترسی GSE26966 برای شناسایی ژنهای افتراقی بین نمونههای آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی و هیپوفیز سالم آنالیز شد. برهمکنشهای بین ژنهای افتراقی در سطح پروتئین با استفاده از دادههای برهمکنش پروتئین- پروتئین (PPI) جمعآوری شده از پایگاه داده IntAct، ایجاد شد. نرم افزار cytoscape، پکیجهای igraph و MCL برای ساخت، آنالیز توپولوژیکی و خوشهبندی شبکه استفاده شدند.
یافتهها: ۱۱۳۵ ژن افتراقی، |log2FC|>2 و FDR< 0.05، بین نمونههای آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی و هیپوفیز سالم شناسایی شدند که ۳۲۳ ژن افزایش و ۸۱۲ ژن کاهش بیان داشتند. شبکۀ PPI شامل ۶۹۶۰ گره و ۱۵۶۹۱ یال بود. براساس آنالیز خوشهبندی، تنظیم چرخۀ سلولی، تنظیم سازماندهی و تجمع کروماتین، تنظیم رونویسی و تنظیم مسیر اسکلت سلولی اکتین، مهمترین مسیرهای درگیر بودند. با آنالیز توپولوژیکی شبکه، ژنهای CDKN1A، BHLHE40، FHL2، H1-2، H2BC21 و FGFR3 بهعنوان گرههای هاب مرکزی شناسایی شدند. این ژنها در مسیرهای زیستی ذکر شده نیز درگیر بودند.
نتیجهگیری: این مطالعه نشان داد که روش سیستم بیولوژی با رویکرد تلفیق دادههایهای رونوشت ژن با دادههای برهمکنش پروتئینها توانایی شناسایی مسیرها و نشانگرهای زیستی بالقوه در تومورزایی آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی دارد.
واژههای کلیدی: آدنوم هیپوفیز غیرعملکردی، ترانسکریپتوم، شبکۀ برهمکنش پروتئین-پروتئین، توپولوژی، خوشهبندی
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
