fa بررسی بیوانفورماتیکی اثر گیاه آویشن باغی در مهار آنزیم آلفا-گلوکوزیداز به‌منظور درمان بیماری دیابت تخصصي Special پژوهشي Research <strong><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">مقدمه: </span></span></strong><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">مهارکننده‌های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&alpha;</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">-گلوکوزیداز با مداخله در هضم کربوهیدرات‌ها در کنترل بیماری دیابت نقش دارند. </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Thymus vulgaris</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;"> یا آویشن باغی گیاهی از خانواده‌ی نعناعیان می‌باشد. اسانس این گیاه دارای فنل‌هایی مثل تیمول، کارواکرول، سیمن، لینا لول، پینن می‌باشد. هدف از این مطالعه، بررسی اثر مهار کنندگی مشتقات موجود در عصاره‌ی آویشن باغی بر فعالیت آنزیم </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&alpha;</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">-گلوکوزیداز به روش داکینگ مولکولی می‌باشد.</span></span><br> <strong><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">روش‌ها</span></span></strong><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">: در این مطالعه، برای بررسی نحوه‌ی اتصال ترکیبات به جایگاه فعال آنزیم، ترسیم ساختار شیمیایی ترکیبات، بهینه‌سازی انرژی، مطالعات داکینگ و تجزیه و تحلیل‌های نهایی به‌ترتیب از نرم‌افزارهای</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">ChemDraw </span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Hyperchem</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">AutoDockTools</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DS Visualizer</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Lig plot</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;"> استفاده شد.</span></span><br> <strong><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">یافته‌ها</span></span></strong>: <span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">تمامی ترکیبات مورد مطالعه قادر به اشغال جایگاه فعال آنزیم بودند که در میان تمام آنها، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیب </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Caryophlla-4-(12), 8(13)-dien-5-&beta;-ol</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;"> است. در حقیقت این ترکیب دارای منفی‌ترین سطح انرژی اتصال، بالاترین تمایل برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم و محل برهمکنش مشابه با مولکول کوکریستال است.</span></span><br> <strong><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">نتیجه‌گیری</span></span></strong><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;">: با توجه به اثر بخشی نسبتاً بالای ترکیبات عصاره‌ی گیاه در مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی، برای بررسی‌های تکمیلی می‌توان اثر این ترکیبات گیاهی را در شرایط </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">in vitro</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">in vivo</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:12.0pt;"> مورد آنالیز قرار داد.</span></span> <strong>Background</strong>: Inhibitors of &alpha;-glucosidase by interfering with digestion of carbohydrates play a role in controlling diabetes. Thymus vulgaris is an herb belonging to the mint family (lamiaceae). The essence of this plant contain the phenols such as thymol and carvacrol, cymene, linalool, pinene. The aim of this study was to investigate the inhibitory effect of the constituents of the thymus vulgaris extract on the activity of &alpha;-glucosidase enzyme by molecular docking.<br> <strong>Methods:</strong> In this study, to investigate how the compounds are attached to the active site of the enzyme, mapping of chemical structure of the compounds, energy optimization, docking studies and final analysis were carried out by ChemDraw, HyperChem, AutoDock 4.2, DS Visualizer and Lig Pluto software, respectively.<br> <strong>Results: </strong>All of the studied compounds were able to occupy the active site of the enzyme, among all of them, the best results of docking was&nbsp; related to the combination of Caryophlla-4- (12), 8 (13) -dien-5-&beta;-ol. In fact, this compound has the most negative energy level of connection, the highest affinity for binding to the active site of the enzyme and the interaction site is similar to that of the co-crystal molecule.<br> <strong>Conclusion:</strong> considering the high efficacy of plant extract compounds in the bioinformatics study, and for complementary studies, the effect of the extract of this plant can be analyzed in order to control the increase of glucose in vitro and in vivo conditions.&nbsp; دیابت, آلفا-گلوکوزیداز, مولکولار داکینگ, مهارکننده, آویشن باغی Diabetes, Alpha-Glucosidase, Molecular Docking, Inhibitor, Thymus Vulgaris 19 28 http://ijdld.tums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-975-1&slc_lang=fa&sid=1 Saeedeh Rahnama Falavarjani سعیده رهنما No Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Nourdanesh Institute of Higher Education, Meymeh, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده‌ی علوم پایه، مؤسسه‌ی آموزش عالی نور دانش، میمه ، اصفهان ، ایران Azizeh Asadzadeh عزیزه اسدزاده az.asadzadeh@yahoo.com Yes Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Nourdanesh Institute of Higher Education, Meymeh, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده‌ی علوم پایه، مؤسسه‌ی آموزش عالی نور دانش، میمه ، اصفهان ، ایران Fatemeh Heidarian Naini فاطمه حیدریان No Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Nourdanesh Institute of Higher Education, Meymeh, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده‌ی علوم پایه، مؤسسه‌ی آموزش عالی نور دانش، میمه ، اصفهان ، ایران