دوره 10، شماره 3 - ( 12-1389 )
جلد 10 شماره 3 صفحات 240-229 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
ابراهیم حبیبی آزاده، عباسی فرزانه، لاریجانی باقر. بررسی تأثیر جهش‌های نقطه‌ای ژن آنزیم آسیل کوآ- دهیدروژناز زنجیر کوتاه (SCAD) بر ساختار آنزیم با مدلسازی. مجله دیابت و متابولیسم ایران. 1389; 10 (3) :229-240
چکیده: (5893 مشاهده)
مقدمه: یکی ازاختلالات مربوط به اکسیداسیون اسیدهای چرب در میتوکندری، کمبود SCAD (اسیل کوآ- دهیدروژناز زنجیر کوتاه) است، که ساختار آنزیم آن در این مطالعه مورد بررسی قرار گرفته است.
روش‌ها: جهش‌های منتخب با استفاده از نرم‌افزار MOEدر ساختار آنزیم (2VIG.pdb) وارد شده و برهم کنش‌های اسید آمینه طبیعی و جهش یافته در این ساختار با یکدیگر مقایسه شدند. از سه نرم‌افزارAggrescan ،Tango و CAMlila برای بررسی پیشگویی تاثیر جهش بر میزان تجمع آنزیم استفاده شد.
یافته‌ها: جهش‌های بررسی شده سه نوع عمده را در بر می‌گرفتند که در میان آنها، تغییر نوع اسید آمینه از باردار/قطبی به آلیفاتیک/آروماتیک و بالعکس به صورت مشخصی بر ساختار آنزیم تاثیر می‌گذارد. در مورد تغییر اسید آمینه آلیفاتیک یا آروماتیک به یک اسید آمینه دیگر از همین نوع، بررسی اولیه ساختار می تواند دلیل تاثیر گذاری نامطلوب جهش را روشن کند، لیکن در مقایسه این نوع جهش‌ها با یکدیگر، موفق عمل نمی‌کند. در بین نرم‌افزارهای پیشگویی تمایل به تجمع نیز، در این مطالعه، CAMlila بهتر عمل می‌کند.
نتیجه‌گیری: بررسی ساختار سه بعدی پروتئین برای یافتن میزان اهمیت جهش در تمایل پروتئین به تغییر ساختار تا حدود زیادی راهگشاست و حتی ابزارهای کاملاً متداول و در دسترس نیز می‌تواند در این زمینه مورد استفاده باشد. از طرفی، برای بررسی موارد ظریف‌تر، نظیر اختلاف تاثیر دو جهش نسبتاً مشابه، نیاز به استفاده از ابزار پیشرفته‌تر نظیر شبیه‌سازی دینامیک مولکولی وجود دارد.
روش‌ها: جهش‌های منتخب با استفاده از نرم‌افزار MOEدر ساختار آنزیم (2VIG.pdb) وارد شده و برهم کنش‌های اسید آمینه طبیعی و جهش یافته در این ساختار با یکدیگر مقایسه شدند. از سه نرم‌افزارAggrescan ،Tango و CAMlila برای بررسی پیشگویی تاثیر جهش بر میزان تجمع آنزیم استفاده شد.
یافته‌ها: جهش‌های بررسی شده سه نوع عمده را در بر می‌گرفتند که در میان آنها، تغییر نوع اسید آمینه از باردار/قطبی به آلیفاتیک/آروماتیک و بالعکس به صورت مشخصی بر ساختار آنزیم تاثیر می‌گذارد. در مورد تغییر اسید آمینه آلیفاتیک یا آروماتیک به یک اسید آمینه دیگر از همین نوع، بررسی اولیه ساختار می تواند دلیل تاثیر گذاری نامطلوب جهش را روشن کند، لیکن در مقایسه این نوع جهش‌ها با یکدیگر، موفق عمل نمی‌کند. در بین نرم‌افزارهای پیشگویی تمایل به تجمع نیز، در این مطالعه، CAMlila بهتر عمل می‌کند.
نتیجه‌گیری: بررسی ساختار سه بعدی پروتئین برای یافتن میزان اهمیت جهش در تمایل پروتئین به تغییر ساختار تا حدود زیادی راهگشاست و حتی ابزارهای کاملاً متداول و در دسترس نیز می‌تواند در این زمینه مورد استفاده باشد. از طرفی، برای بررسی موارد ظریف‌تر، نظیر اختلاف تاثیر دو جهش نسبتاً مشابه، نیاز به استفاده از ابزار پیشرفته‌تر نظیر شبیه‌سازی دینامیک مولکولی وجود دارد.
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
